1995年9月至2004年10月，馆址设在原二十二兵团领导创业旧址内，陈展面积仅168平方米。
2004年在石河子军垦博物馆的基础上，将石河子市市级文物保护单位“军垦第一楼”改扩建成为“新疆兵团军垦博物馆”，于2004年10月10日新疆生产建设兵团成立五十周年之际开馆并举行了隆重的揭牌仪式。
展馆特色
新疆兵团军垦博物馆总建筑面积9703平方米，目前展出的物品有5000多件，其中有29件属国家一级革命文物。采用声、光、电效果，再现进疆人民解放军向荒原开战的大型半景画，给人们留下深刻的印象。她是展示军垦历史，进行爱国主义和革命传统教育的重要基地，2005年被评为全国百个红色旅游景点之一。
改扩建的新疆兵团军垦博物馆陈列面积3100平方米，集展览、会议、办公为一体，功能齐全。它是全国唯一的一座以新中国新疆屯垦戍边史为主要陈列内容的博物馆。
主要宗旨是大力弘扬新疆兵团几代军垦人艰苦奋斗的创业精神。
展馆内容
军垦序曲；屯垦戍边、艰苦创业；荒原巨变、千秋伟业；奋起二次创业，再造兵团辉煌；亲切关怀；
博物馆景观(18张)前进中的国家级石河子经济技术开发区；屯垦戍边七大部分。共展出实物800余件，图片300余幅。作为全国唯一的军垦博物馆，同时是军垦精神、军垦文化的展现和缩影。
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