圣佑庙内古木参天，松杉蔽日，登堂入室，给人以超凡脱俗之感，沿着中轴线望去，8座建筑错落有致，布局对称，除照壁、山门、前殿、大殿、后殿按中轴线建筑外，左右还有硬山顶配殿和八角形双层双檐阁。
大雄宝殿是这座古庙的主体建筑，殿宽17米，7开间，平面正方形，大出桅，高举折，陡屋顶，四角飞檐呈龙头探海之势，檐下斗拱，为多层挑枋肩之。工程精细，鎏金沥粉，雕梁画栋，金碧辉煌，巨柱擎起的殿廊上绘有珍禽异兽，猛虎雄狮，金鹿麒麟，凤凰弥猴，千恣百态。大殿正壁还绘有二龙戏珠，凤凰比翼，子牙钓鱼，苏武牧羊等我国传统风格的壁画，实在令人惊叹。
这座气势雄伟，古朴庄严的大庙，占地数百亩，整个建筑面积约2000平方米，是新疆现存喇嘛教中较完整的一座寺院。
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